top of page
McDonnell Genome Institute
Washington University
Transcript
lnc-MSX1-2:5
Chromosome
chr4
Gene Name
lnc-MSX1-2
Start
4761811
CPC Label
coding
End
4783769
Cancer
BRCA-HER2-enriched
Strand
+
Peptide
LSLNEMIHLMALNECSLK
Modified Peptide
n[145]LSLNEM[147]IHLM[147]ALNECSLK
Peptide Length
18
ORF Length
308
Open Reading Frame (ORF)
LSLNEMIHLMALNECSLKHLAKLLAYDVQKTGCFIDTIIIISIITVITIIVTAMISTTITVSISIIIFITILIIVIIITTITITATIFTNIPIITITITATIITNITIITITTTIIIIIISITVVTTTIITNITTVTITITIITITIIIIIIISITIIITTTITNITNVAITITIITVTTAMIVTIITITIIIIIIIIITIVTIIIAMVSIIITISISIIIFITILIIVIIITIITIANTIIIIIIITIIITTTIITNINIITVTITVIVTIITITTTIVITIISIIDIIDCHDHHDNQHHLHHYRLS
Conservation Score
0.103
PhyloCSF Frame 1
0
No. of Spectra
2
CPC Coding Probability
0.999731
PhyloCSF Frame 2
0
CNTI Index
coding
Max Probability
0.7739
PhyloCSF Frame 3
0
CNTI Score
0.80798229
bottom of page